Come funziona il programma Blast?
Come funziona il programma Blast?
BLAST è un programma euristico per la ricerca di omologie locali di sequenza, esso prende in input una sequenza ed un valore e restituisce una serie di sequenze, ( contenute nel database su cui si fa operare BLAST ) che risultino simili alla sequenza di input, accompagnate da due colonne di valori attestanti la bontà ...
A cosa serve un allineamento di sequenze?
L'allineamento di sequenze è una procedura bioinformatica con cui vengono messe a confronto ed allineate due o più sequenze primarie di aminoacidi, DNA o RNA. L'allineamento permette di individuare regioni identiche o simili che possono avere relazioni funzionali, strutturali o filogenetiche (evolutive).
Come si allineano due sequenze?
Un buon metodo per generare tutti i possibili allineamenti tra due sequenze consiste nel fare scorrere una delle due sequenze rispetto all'altra e nel valutare la similarità di sequenza (il punteggio ottenuto) di ognuno degli allineamenti generati.
Come funziona fasta?
L'algoritmo implementato in FASTA si basa su una strategia di indicizzazione delle parole e sul concetto di “Lookup Table”: la proteina QUERY viene spezzettata in parole di lunghezza ktup (k-tuples) e la query viene così indicizzata (cioè si memorizzano solo gli indici, non la coppia).
Come allineare due sequenze con BioEdit?
- Aprire BioEdit e cliccare Open Sequence Set in alto a sinistra.
- Aprire le sequenze scaricate.
- Nel menù principale del programma cliccare New Alignment in alto a sinistra.
- Copiare tutte le sequenze nel nuovo file.
- Salvare il nuovo file in formato FASTA.
Cosa sono le matrici di sostituzione?
Questa matrice è spesso utilizzata per la ricerca di similarità in sequenze filogeneticamente distanti. Con le matrici di sostituzione è quindi possibile attribuire un punteggio appropriato a ogni coppia di aminoacidi appaiati in un allineamento, piuttosto che contare semplicemente il numero di identità.
